Vi sinh vật học dược phẩm: ngành nghiên cứu vi sinh vật có liên quan đến sản xuất thuốc kháng sinh, enzym, vitamin, vắc-xin và các sản phẩm dược phẩm khác, gây ô nhiễm và hư hỏng dược phẩm.
Công nghệ sinh học vi sinh vật: thao tác của vi sinh vật ở cấp độ di truyền và phân tử để tạo ra các sản phẩm hữu ích.
Vi sinh vật học thực phẩm: ngành nghiên cứu các vi sinh vật làm hỏng thực phẩm và các bệnh do thực phẩm gây ra. Sử dụng vi sinh vật để sản xuất thực phẩm, ví dụ bằng lên men.
Vi sinh vật học nông nghiệp: ngành nghiên cứu vi sinh vật có liên quan đến nông nghiệp. Ngành này có thể được phân loại thành các phân ngành sau:
Vi sinh vật học thú y: ngành nghiên cứu vai trò của vi sinh vật trong thú y hoặc phân loại động vật.
Vi sinh vật học môi trường: ngành nghiên cứu chức năng và tính đa dạng của vi sinh vật trong môi trường tự nhiên của chúng. Điều này liên quan đến việc mô tả đặc điểm của những sinh cảnh quan trọng của vi khuẩn như vùng rễ và mặt lá, hệ sinh tháiđất và nước ngầm, đại dương mở hoặc môi trường khắc nghiệt (sinh vật ưa cực). Lĩnh vực này bao gồm các phân ngành khác của vi sinh vật học như:
